La préoccupation première des massorètes était la transmission fidèle de chaque mot, et même de chaque lettre, du texte de la Bible. Par souci d’exactitude, ils marginèrent chaque page pour signaler les éventuels changements effectués, volontairement ou non, par les copistes prémassorétiques. Dans ces notes marginales, ils indiquèrent également les variantes orthographiques et les tournures peu usitées, précisant le nombre de leurs occurrences à l’intérieur d’un même livre ou dans l’intégralité des Écritures hébraïques. Vu le peu de place disponible, ils recoururent à un code extrêmement abrégé pour porter ces commentaires. Ils signalèrent en outre le mot ou la lettre médiane de certains livres, fournissant ainsi un instrument supplémentaire de vérification. Ils allèrent jusqu’à dénombrer toutes les lettres de la Bible pour s’assurer de la fidélité de leurs copies.

Dans les marges supérieures et inférieures, les massorètes portèrent des commentaires plus étendus concernant les notes abrégées des marges latérales, commentaires très précieux pour effectuer des vérifications. Puisqu’il n’existait ni numérotation de versets ni concordance biblique, comment ces notes comparatives renvoyaient-elles à d’autres parties de la Bible? Les massorètes inscrivaient dans les marges supérieures et inférieures un extrait des versets parallèles pour se souvenir des autres occurrences du ou des mots indiqués. Le manque de place les amenait souvent à ne porter qu’un seul mot-clé du verset parallèle. Pour que ces notes marginales présentent un intérêt, ces copistes devaient pratiquement connaître par cœur l’intégralité des Écritures hébraïques.